重返被淹没的档案室需要你回到地热山谷区域，具体位置在地图西北方向的山脊上，从取得亚特兰蒂斯地图的观测站右侧，利用滑索垂直下降，并使用爆炸物炸开挡路的木门即可进入该区域。进入档案室大厅后，你的首要目标是找到阿特拉斯地图，但在此过程中会遭遇重甲敌人的阻挠，此时应善用场景中分布的希腊火罐来清除威胁，利用瓶罐引诱敌人聚集再一并引爆是节省弹药的有效方法。
获取地图后的核心解谜环节是使用希腊火炸毁巨型雕像的三处石制支座，以推倒雕像搭建逃生通路。第一处支座位于大厅内，其旁边就有现成的希腊火罐，直接开枪引爆即可将其破坏，这个过程相对直接。解谜的关键在于后续两处支座的破坏。对于第二处支座，你需要游泳到水池对岸，沿着水道找到一个闸门，用弓箭拉开后可放出漂浮的希腊火罐。第一个放出的罐子用于炸开水道中的障碍物清理航道；放出第二个罐子后，在其漂过第一道障碍时，迅速使用套索弓箭将其与岸边的木桩连接，使其改变漂流方向靠岸，割断绳子后罐子会沿着特定缝隙漂向支座，在靠近时开枪引爆。
第三处支座的解谜涉及一个天平机关，操作顺序是：先射击摇臂将其拉近，绑定一个希腊火罐使其因重量下垂；然后将另一侧的摇臂也拉到面前并绑定第二个火罐，再次转动机关使天平恢复平衡；最后走到水池对面转动天平，让摇臂将绑定的罐子运送至对岸的凹槽处，割断绳索让罐子沿凹槽滚落，即可精准炸毁最后一处支座。
成功炸毁三处支座后，雕像会倒塌形成通路，但随后会出现被称为不死军团的遗迹守护者并展开追逐，你需要经过一段快节奏的跑酷才能成功逃出档案室。在此任务流程中，劳拉会获得无限潜水呼吸器，从而解除潜水时限。完成任务后，你可以选择重返档案室进行收集，例如位于大厅二层走廊上的文献等，部分收集品需要通过特定路径，如在特定位置使用绳索荡跳才能取得。
