主副将系统是武将搭配的核心机制之一。主将指玩家队伍中承担主要输出或核心职能的武将，通常拥有高伤害或关键技能，其生存和发挥直接影响战斗结果。副将则是辅助主将的次要角色，主要用于激活主将的缘分属性或提供额外增益，但无法直接上场作战。这种设计让玩家在阵容构建时需兼顾主将强度与副将的缘分搭配，形成更完整的战术体系。
主副将的开启条件与玩家等级相关，通常需达到110级后自动解锁该系统。副将无需升级或培养，只需拥有对应武将本体即可激活缘分效果，资源消耗较低。需副将虽不参与战斗，但其缘分加成能显著提升主将的基础属性或触发特殊效果，例如增加攻击力、生命值或激活合击技能。因此合理选择副将是优化战力的重要环节，尤其在后期高难度副本或PVP对战中，缘分加成的差距可能成为胜负关键。
主将的选择需综合考虑武将定位与阵容需求。输出型主将如关羽、吕布等依赖高爆发伤害，但生存能力较弱，需搭配提供防御或控制效果的副将；防御型主将如曹操、夏侯惇则更注重持续作战，副将可选择增强治疗或减伤的缘分组合。部分主将拥有专属主将技能，例如刘备的主将技能为队友提供护盾，这类技能仅在担任主将时生效，进一步凸显主将的核心地位。
实际搭配中需避免盲目追求高稀有度武将。部分紫色或橙色武将因缘分组合简单且效果显著，反而比金色武将更适合作为副将。同一阵营的主副将搭配能触发额外阵营加成，例如全蜀国阵容可激活攻击力提升效果。玩家应根据当前资源与目标玩法（如PVE推图或PVP竞技）动态调整主副将配置，而非固定单一模板。
主副将系统的深度在于平衡即时战力与长期养成。前期可优先激活易获取的副将缘分以快速提升战力，中后期则需逐步替换为高阶武将的稀有缘分。同时需注意装备、宝物等系统对主将的强化优先级高于副将，确保资源投入效率。这一机制既降低了新手搭配门槛，也为资深玩家提供了策略挖掘空间，是少年三国志战斗体系的重要支撑。
