通关一周目后，二周目会解锁更多隐藏内容和神兽捕捉剧情。首先需要将图鉴升级为全国版，良木博士的父亲会主动到家中帮忙完成这一操作。之后的关键任务是前往梦之遗迹、17-18号道路的火钢兽石头位置以及冠军之路的N之城遗迹。火钢兽的捕捉需要将特定石头带回反转山脉触发战斗，而冠军之路原先被索罗亚库阻挡的洞口现已开放，跟随它可进入N之城遗迹并遭遇冰龙，使用遗传因子的楔子可将其进化为黑/白冰龙。地底遗迹则需要通过帆巴市上方的ヤーコンロード进入，按照红圈提示走步数可解锁三马桶房间，集齐三只马桶后可召唤马桶王。
二周目的另一重点是探索新增场景如异乡人之屋和鹿子镇。异乡人之屋位于山路镇右上角，深入探索可获得美梦神的羽毛。鹿子镇的前作主角家中能触发特殊剧情，前作主角母亲会误认玩家为归来的孩子，并透露前作主角仍在寻找N的线索，二楼可拾取王者证。三洋市的前作初始道馆已变为餐厅，可与三兄弟对战；七宝博物馆内退休的芦荟会赠送化石。涟漪镇的PC中心旁可与劲敌对战，获胜后获得潜水秘传机，好贤者会赠送解读海底遗迹文字的道具，但实际上海底遗迹的探索方法可参考旧攻略。
神兽捕捉方面，除火钢兽和冰龙外，还需关注心灵空洞的三圣菇。从立涌市左行至20号道路冲浪可抵达心灵空洞，触发三圣菇剧情后它们会分散至世界各地：黄蘑菇出现在七宝市画廊前，红蘑菇藏于天堂之塔顶层。同时需注意对战开拓区的解锁，从凯那市乘船至水静市后，在第二间房休息即可抵达。对战开拓区包含金字塔、竞技场等七种设施，每种设施通关特定次数后会遭遇特殊NPC，例如单打模式连续通关四次将遭遇持有烈空坐、盖欧卡和固拉多的训练师。
